Joseph Hubertus Pilates est né en 1883 en Allemagne, d'un père gymnaste de haut niveau et d'une mère naturopathe. Souffrant de plusieurs maladies toute son enfance (l’asthme, rachitisme, et rhumatisme articulaire) il cherche à améliorer sa santé et étudie les arts martiaux, le yoga et le Taï Chi, ainsi que l’anatomie. Il étudie les exercices grecs et romains anciennes. Il devient un sportif accompli en boxe, en gymnastique et en ski.
Il réalise qu’une mauvaise posture et respiration sont très mauvaises pour la santé, et que la santé physique et mentale sont étroitement liées. Il développe sa méthode sous le nom de « Contrologie », coordination complète du corps, de l’âme et de l’esprit. En 1912 Joseph Pilates déménage en Angleterre ou il devient boxeur professionnel, et enseigne l'auto-défense à la police. Il travaille dans un cirque où il joue la statue grec.
Deux ans plus tard, il est traité en « ennemi étranger » pendant la première guerre mondiale et avec d’autres allemands, il est interné dans un camp sur l’île de Man. Il préserve la santé des autres prisonniers en agissant comme leur entraineur de gym, et met en place les fondamentaux de sa méthode Pilates telle qu'elle est connue aujourd'hui. Il développe le concept de ses appareils tels que le reformer, le cadillac etc et commence à les utiliser à des fins de rééducation.
Après la guerre, Joseph Pilates retourne en Allemagne mais est déçu par l’évolution des ses techniques et quitte le pays en 1926 et émigre aux Etats-Unis. C’est lors de son trajet en bateau qu’il rencontre sa future femme, Clara. Le couple crée un studio à New York, qui connait rapidement un énorme succès parmi des compagnies de danse new-yorkaises, qui envoient leurs danseurs pour la prévention des blessures et de la rééducation. Ce succès continuera pendant 40 ans ou Joseph Pilates travaillera à perfectionner sa méthode sans cesse.
Joseph Pilates, à la suite d’un incendie en 1967, est mort accidentellement à l'âge de 84 ans après avoir dédié sa vie au bien-être et à la santé.